Danos no DNA podem ser induzidos por um grande número de agentes físicos e químicos presentes no ambiente, como também por compostos produzidos pelo próprio metabolismo celular. Estes danos podem interferir com processos celulares como replicação e transcrição, levando a morte celular e/ou mutações. Os baixos níveis de mutação nas células são devidos à presença de vias enzimáticas, que reparam os danos no DNA. Diversos genes de reparo de DNA têm sido clonados e seus produtos caracterizados, principalmente em bactérias, leveduras e mamíferos. O interesse no estudo de mecanismos de reparo de DNA advém de seu envolvimento com a proteção da integridade da informação genética. A alta conservação observada para a maioria dos genes relacionados ao reparo de DNA, especialmente em eucariotos, aponta para sua importância para a manutenção da vida na terra. Em plantas, o conhecimento sobre os mecanismos de reparo de DNA é ainda reduzido. Os primeiros genes de reparo foram recentemente clonados e o mecanismo de ação de seus produtos está por ser caracterizado. Nosso objetivo neste trabalho de data mining foi identificar, no banco de dados gerados pelo projeto Genoma da Cana de Açúcar (Sugarcane Expressed Tag Project-SUCEST), genes relacionados ao reparo por excisão de bases (BER). Esta busca foi feita através do programa tblastn. Em cana de açúcar, foram identificados clusters homólogos para a maioria das proteínas BER analisadas e um alto grau de conservação foi observado. Os melhores resultados foram obtidos com proteínas BER de Arabidopsis thaliana. Para alguns homólogos BER de cana de açúcar, a presença de mais de uma forma de mRNA é possível, como definido pela ocorrência de mais de um cluster homólogo.

DNA damage can be induced by a large number of physical and chemical agents from the environment as well as compounds produced by cellular metabolism. This type of damage can interfere with cellular processes such as replication and transcription, resulting in cell death and/or mutations. The low frequency of mutagenesis in cells is due to the presence of enzymatic pathways which repair damaged DNA. Several DNA repair genes (mainly from bacteria, yeasts and mammals) have been cloned and their products characterized. The high conservation, especially in eukaryotes, of the majority of genes related to DNA repair argues for their importance in the maintenance of life on earth. In plants, our understanding of DNA repair pathways is still very poor, the first plant repair genes having only been cloned in 1997 and the mechanisms of their products have not yet been characterized. The objective of our data mining work was to identify genes related to the base excision repair (BER) pathway, which are present in the database of the Sugarcane Expressed Sequence Tag (SUCEST) Project. This search was performed by tblastn program. We identified sugarcane clusters homologous to the majority of BER proteins used in the analysis and a high degree of conservation was observed. The best results were obtained with BER proteins from Arabidopsis thaliana. For some sugarcane BER genes, the presence of more than one form of mRNA is possible, as shown by the occurrence of more than one homologous EST cluster.